耶穌堡位于蒙巴薩島的東南角。聯結東西方的新航路的開辟，使國際貿易和海上運輸蓬勃發展，蒙巴薩是新航路上的重要補給點和貨物集散地，于是成為爭奪的目標。

1589年，奧斯曼土耳其帝國派遠征軍占領蒙巴薩并修筑城堡。1593年，葡萄牙人攻占了蒙巴薩，并在港灣岬角處修建更大的城堡以俯視和控制港口。由于葡萄牙傳教士也隨著商船四處布道，這座新城堡就被命名為耶穌堡。耶穌堡呈大字形，長100多米，寬約80米，城墻建在珊瑚巖上，高15米，厚 2.4米，大門上布滿約10厘米長的尖釘，以防大象的沖撞。1696年，阿曼蘇丹開始圍攻城堡，葡萄牙人抵抗了兩年零9個月后投降。

1958年，古城堡改為博物館，展示東非與新航路的歷史圖片和文物。一些來自中國的文物也在其中，如明宣德年間燒制的瓷盤、花瓶等，研究表明，鄭和下西洋時也曾達到過蒙巴薩，這些文物很可能就是那個時候留下的。